Hashimoto to choroba autoimmunologiczna, która powstaje w organizmie w wyniku zaburzeń w obrębie mechanizmów odpornościowych – immunologicznych. Organizm zaczyna produkować przeciwciała skierowane przeciwko własnym nieuszkodzonym, zdrowym komórkom. W przypadku choroby Hashimoto powstają przeciwciała, które uszkadzają tarczycę, nasilają jej stan zapalny, włóknienie i dysfunkcję.